1．電子檔案的法律憑證問題。由于認識、技術、方法等方面的障礙，使電子檔案的真實性受到質疑。不保證電子檔案的客觀真實性，數字化檔案館建設就成了一句空話。

 2．數字化檔案信息資源的長期存取問題。數字信息載體的脆弱性，造成數字化檔案信息資源長期保存的種種問題。如果不解決數字信息長期存取問題，實際就等于為數字檔案館的建設埋下了一枚定時炸彈，其后果不堪設想。

 3．館藏檔案資源的數字化 問題。檔案信息處理有相當大的技術難度。如已研制出的OCR掃描輸入技術，其平均識別率是 95％，這對于追求最大程度真實性的檔案來說無疑是致命的弱點。其他還存在知識產權的保護問題、系統安全問題等等 。

總之，建設數字化檔案館是一個系統工程，它要求科學管理、合理安排、集中統籌規(guī)劃。只有這樣，才能建設成適合我國國情的數字化檔案館。